سيقوم كل بنك مرخص في الضفة الغربية وقطاع غزة بدفع نسبة معينة من إجمالي الودائع التي لديه كتأمين لمؤسسة ضمان الودائع، وسيتم استثمار التأمين ضمن صندوقين منفصلين أحدهما للمصارف التقليدية والآخر للمصارف الاسلامية، وبشكل يتوافق مع أحكام الشريعة الاسلامية. وفي حال تصفية أي مصرف، تتولى هذه المؤسسة رد الودائع للمودعين بسرعة حسب الضمان.